Od stuleci Jura pozostawała obszarem intensywnej działalności człowieka. Trzebiono lasy nie tylko pod rozwijające się od średniowiecza osadnictwo, ale również na potrzeby górnictwa Olkusza, Nowej Góry, Chrzanowa i Zawiercia. Intensywnie pozyskiwany był wapień i inne skały, zaś wartkie potoki zapewniały energię foluszom, prochowniom, młynom, papierniom, hamerniom i wielu innym zakładom. W XIX w. ekspansja przemysłu, zwłaszcza wydobywczego i metalurgicznego, przy jednoczesnej intensyfikacji metod wyrębu spowodowała nie tylko dalsze uszczuplenie powierzchni lasów, lecz również nieodwracalne zmiany w składzie gatunkowym drzewostanów, zmniejszenie się udziału gatunków rodzimych: buka, jodły, jawora, wiązu, a wraz z tym ustępowanie szeregu gatunków flory i fauny. Także stosowana jeszcze do niedawna rekultywacja gruntów i melioracje skutkowały stepowieniem oraz wkraczaniem gatunków pospolitych. W I pol. XX w. znaczne zagrożenie dla środowiska naturalnego Wyżyny stworzył przemysł ciężki aglomeracji częstochowskiej, krakowskiej i śląskiej poprzez emisję zanieczyszczeń, głównie dwutlenku siarki.

Potrzebę ochrony substancji przyrodniczej Jury dostrzeżono już z początkiem XIX w. wraz z rozwojem badań naukowych, głównie przyrodniczych. Z czasem jurajski krajobraz, jego unikatowość stały się przedmiotem zainteresowania szerszych kręgów społeczeństwa. Sprzyjały temu liczne publikacje prasowe, jak i rozwój turystyki. W Ojcowie Jan Zawisza, któ-ry nabył go w 1878 r., rozpoczął stopniowy wykup okolicznych terenów, chroniąc w ten spo-sób lasy Doliny Prądnika przed stosowanym przez poprzednich właścicieli rabunkowym wyrębem, a także jaskinie, których namuliska pozyskiwano na nawóz. Dzieło Zawiszy kon-tynuował Ludwik Krasiński, a następnie jego córka – Ludwika Czartoryska. Podobnie Karol Raczyński, dziedzic Złotego Potoku, w 1907 r. wstrzymał wyręby w lasach Doliny Wiercicy, a następnie w l. 20. XX w. wprowadził dalsze ograniczenia ochronne z wydzieleniem rewiru rezerwatowego. Z końcem XIX w. zrodziła się pierwsza społeczna inicjatywa ratowania walorów przyrodniczo-kulturowych Doliny Prądnika. Dzięki pisarzowi Adolfowi Dyga-sińskiemu, niestrudzonemu piewcy piękna ojcowskiej doliny, zawiązano spółkę akcyjną, która wykupiła zamek w Pieskowej Skale wraz z otaczającym go lasem i skałami (→ zamki). Jednak dopiero po wojnie wprowadzenie rozwiązań prawnych umożliwiło podjęcie faktycznych i racjonalnych działań ochronnych. Były one jednak ograniczone do określonego obszaru (park narodowy, rezerwaty przyrody), co wobec postępujących procesów urbanizacji i industrializacji okazało się niewystarczającym. Koniecznością stała się kompleksowa ochrona Jury – w praktyce realizowana dopiero od lat 80. XX w., wraz z utworzeniem na jej obszarze parków krajobrazowych.